Theo Từ điển tiếng Việt, Tôn Miếu là nơi thờ cúng Tổ tiên của nhà vua.

Ở Quý hương Gia Miêu ngoại trang, nay là làng Gia Miêu, xã Hà Long, huyện Hà Trung, tỉnh Thanh Hóa có một ngôi nhà thờ được gọi là Tôn Miếu. Ngôi Tôn Miếu này nằm gọn trong một xóm nhỏ gần bờ phía Tây của đập Bến Quân nên không mấy người biết đến.

Trông giữ và chăm sóc Tôn Miếu là con cháu trong chi họ Nguyễn Hữu, hậu duệ của Tả tướng Thái úy Lỵ Nhân công Nguyễn Hán – hoàng tử thứ 2 của Thái tổ hoàng đế Nguyễn Hoàng. Chi họ này được vua Gia Long ban Công Tính Chính Chi Nguyễn Hựu vào năm 1802.

Gia phả cổ của chi họ chép vào thời vua Minh Mệnh ghi rõ:

Phiên âm: Hà Trung phủ, Tống Sơn huyện, Thượng Bạn tổng, Quý hương Gia Miêu ngoại trang, công tính chính chi ............. Thừa khai do vi tự tiền đại dĩ lai bản cư Quý hương thế thế phụng thị Tôn miếu …..

Tạm dịch:  ..........Công tính chính chi ở Quý hương Gia Miêu ngoại trang, tổng Thượng Bạn, huyện Tống Sơn, phủ Hà Trung. Kê khai. Vì tôi từ xưa tới nay sống ở quê gốc là Quý hương, các đời nối tiếp nhau hết lòng hầu hạ chăm sóc nơi thờ cúng Tổ tiên của nhà vua ….

Như vậy, nhà thờ này không dùng các danh xưng thông thường như Từ Đường hoặc Tông Đường mà dùng danh xưng Tôn Miếu, một danh xưng mà không nhà thờ của bất cứ chi họ Nguyễn nào dám lạm dùng, nếu lạm dùng thì có thể bị khép vào tội khi quân phạm thượng.

Gọi là Tôn Miếu vì nơi đây thờ tự các vị:

- Thủy tổ Phó Giám hầu Nguyễn Như Trác là con trai thứ Tư của cụ Nguyễn Công Duẩn. Phó Giám hầu Nguyễn Như Trác là người khởi sinh ra chi thứ Tư, chi của các chúa Nguyễn và Vương triều Nguyễn. Ngài là ông nội của Triệu tổ hoàng đế Nguyễn Kim;

- Thái tể Trừng quốc công Nguyễn Văn Lưu sinh ra Triệu tổ hoàng đế Nguyễn Kim;

- Triệu tổ hoàng đế Nguyễn Kim sinh ra Thái tổ Gia dụ hoàng đế Nguyễn Hoàng;

- Thái tổ Gia dụ hoàng đế Nguyễn Hoàng.

         Theo lời văn của Gia phả thì Tôn Miếu đã có từ rất lâu trước năm 1802 là năm chi họ được ban Công tính chính chi Nguyễn Hựu, người chép phả là Nguyễn Hựu đã chép “THẾ THẾ PHỤNG THỊ TÔN MIẾU”

Như vậy, ở Quý hương Gia miêu ngoại trang, từ năm 1803 đến nay luôn song hành hai nơi thờ Tổ tiên của nhà vua là Tôn Miếu và Nguyên Miếu nhưng không có sự chồng chéo vì:

- Tôn Miếu là cái có trước, thờ phụng khởi từ cụ Thủy tổ Nguyễn Như Trác của chi thứ Tư, chi của các chúa Nguyễn và Vương triều Nguyễn.

Nguyên Miếu thờ chính là Triệu tổ và Thái tổ, phối thờ Trừng Quốc công và Lỵ Nhân công.

- Tôn Miếu có trước Nguyên Miếu khoảng trên hai thế kỷ.

- Tôn Miếu hình thành và tồn tại cùng dòng tộc, thờ cúng theo phong tục thờ cúng tổ tiên lưu truyền trong dân gian. Nguyên Miếu hình thành do ý chí nhà vua, thờ cúng theo nghi lễ quốc gia, thời gian tồn tại phụ thuộc vào thể chế chính trị.